Η Εκκλησία του Αγίου Ιωάννη στην Αγία Πελαγία είναι ένας παραδοσιακός ορθόδοξος ναός στον ομώνυμο οικισμό της Κρήτης, αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη.

Ο ναός ανήκει στην κατηγορία των εκκλησιών και μοναστηριών που υπάρχουν στο νησί και λειτουργεί ως πνευματικό σημείο λατρείας για τους κατοίκους και τους επισκέπτες.

Η εκκλησία λειτουργεί ως μέρος της θρησκευτικής και πολιτιστικής ζωής της περιοχής, ιδιαίτερα σε περιόδους εορτών και λειτουργιών, προσφέροντας σε πιστούς και επισκέπτες έναν ήρεμο και πνευματικό χώρο λατρείας.