O ιερός ναός του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται στο ανατολικό μέρος του χωριού Μαρμακέτο, στο Οροπέδιο Λασιθίου, λίγα μόλις μέτρα από το νεκροταφείο.

Η εκκλησία είναι αρκετά γραφική λόγο του ότι είναι ολόκληρη χτισμένη από πέτρα.