Ο Άγιος Ραφαήλ από τους Μύλους της Ιθάκης συγκαταλέγεται στη χορεία των Νεοφανών Αγίων, εκείνων δηλαδή που μαρτύρησαν σχεδόν αμέσως μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης.

Τη μνήμη αυτού του Αγίου γιορτάζει κάθε χρόνο στις 30 Απριλίου ο Ιερός Ναός Αγίου Ραφαήλ που βρίσκεται στον οικισμό του Χόνδρου, νότια του Ηρακλείου.

Ο Ιερός Ναός του Αγίου Ραφαήλ, που βρίσκεται λίγο πιο έξω από τον οικισμό, ανακαινίσθηκε τον Ιούλιο του 1996 με τη σημαντική συμβολή του Μητροπολίτη Πέτρας κ. κ. Νεκτάριου. Η εκκλησία είναι μονόχωρη με μεγάλο αύλειο χώρο και με χαρακτηριστικό γνώρισμα τις κόκκινες κολώνες της και το κόκκινο καμπαναριό.  Στον αύλειο χώρο υπάρχει η μεγάλη εικόνα των Νεοφανών Αγίων με τον Ραφαήλ, τον Νικόλαο και την Ειρήνη  και ένα υπαίθριο εικονοστάσι που εξυπηρετεί τους επισκέπτες, όταν η εκκλησία δε λειτουργεί. Έξω από το ναό θα συναντήσετε και μία πετρόχτιστη βρύση με την πανέμορφη ανάγλυφη της διακόσμηση.