Το Σπήλαιο Πελεκητών βρίσκεται στη νοτιοανατολική Κρήτη, στον νομό Λασιθίου, κοντά στην περιοχή της Ζάκρου και σε μικρή απόσταση από τη γνωστή παραλία των Πελεκητών.