Η πόλη της Αρχαίας Απολλωνίας βρίσκεται 20 χλμ. βορειοδυτικά του Ηρακλείου, στο παραθαλάσσιο χωριό Αγία Πελαγία και, όπως πιστεύεται, κατοικήθηκε για πρώτη φορά γύρω στο 2000 π.Χ., ενώ καταστράφηκε το 171 π.Χ. μετά από επίθεση της πόλης της Αρχαίας Κιδωνίας.

Τα περισσότερα ευρήματα της περιοχής έχουν ανασκαφεί στο άκρο της Σούδας. Το σημαντικότερο από αυτά είναι το Πρυτανείο, μια μεγάλη ομάδα κτιρίων όπου πραγματοποιούνταν οι σημαντικές συνεδριάσεις των τοπικών ηγετών.