Ο ναός του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται σε ένα από τα διασημότερα φαράγγια της Κρήτης το Αγιοφάραγγο ή Φαράγγι των Αγίων στα νότια του Ηρακλείου. Βρίσκεται 250 μέτρα πριν φτάσουμε στην παραλία διαμέσου του φαραγγιού.
Είναι ιδιαίτερα επιβλητική με σπουδαία αρχιτεκτονική και η ύπαρξη της χρονολογείται πριν από τον 13ο αιώνα. Στα πρώιμα στάδια φαίνεται να υπήρχε απλά ένα μικρό εκκλησάκι σε σπήλαιο του βράχου. Αργότερα λόγω της αύξησης των μοναχών και λόγω του ότι εξυπηρετούσε ως κέντρο του ασκητισμού της περιοχής όπου γίνονταν όλες η θρησκευτικές λειτουργίες, ανακαινίστηκε και μεγάλωσε αρκετές φορές. Η τελευταία ανακαίνιση φαίνεται να έγινε τον 14ο με 15ο αιώνα όπου διατηρείτε μέχρι σήμερα.
Έξω από την εκκλησία υπάρχει ένα πηγάδι όπου προμηθεύονταν νερό οι ασκητές της περιοχής.