Οι Μαργαρίτες αποτελούν έναν από τους πιο φημισμένους παραδοσιακούς οικισμούς του νομού Ρεθύμνου, παγκοσμίως γνωστό για τη μακρά παράδοσή του στην τέχνη της αγγειοπλαστικής.

Το χωριό βρίσκεται στην ενδοχώρα του νησιού, σε μια περιοχή πλούσια σε ιστορικά μνημεία και φυσική ομορφιά. Στον οικιστικό ιστό και την ευρύτερη περιοχή δραστηριοποιούνται εργαστήρια που διατηρούν ζωντανή την τέχνη του πηλού, προσελκύοντας πλήθος επισκεπτών που θέλουν να γνωρίσουν από κοντά αυτή την αρχαία τεχνική.

Η γεωγραφική θέση των Μαργαριτών είναι στρατηγική για την εξερεύνηση της κρητικής ιστορίας, καθώς γειτνιάζει με την Αρχαία Ελεύθερνα και τον αντίστοιχο αρχαιολογικό χώρο, καθώς και με την εντυπωσιακή αρχαία ελληνιστική γέφυρα. Ο οικισμός προσφέρει ποιοτικές επιλογές διαμονής σε παραδοσιακά καταλύματα και βίλες που επιτρέπουν στον επισκέπτη να βιώσει την αυθεντική ατμόσφαιρα του χωριού, ενώ συνδέεται οδικά με πολλούς γειτονικούς οικισμούς, αποτελώντας έναν από τους πιο ελκυστικούς σταθμούς στην κεντρική Κρήτη.

Αξιοσημείωτο σημείο στην περιοχή είναι η συγκέντρωση σημαντικών αρχαιολογικών θέσεων σε πολύ κοντινή απόσταση, όπως ο χώρος Καστίβελος και ο ναός της Αγίας Ειρήνης, που μαρτυρούν τη συνεχή κατοίκηση και τη σημασία της περιοχής από την αρχαιότητα. Η πνευματική ζωή του οικισμού παραμένει ενεργή με επίκεντρο ιστορικούς ναούς, όπως αυτός της Αγίας Βαρβάρας, που συμπληρώνουν την πολιτιστική ταυτότητα του τόπου.