Ο παραθαλάσσιος οικισμός των Τριών Εκκλησιών βρίσκεται 64 χλμ. νότια του Ηρακλείου περνώντας από τους οικισμούς Χάρακα και Παρανύμφοι.

Πρόκειται για έναν οικισμό χτισμένο πίσω από τα επιβλητικά όρη των Αστερουσίων και στην έξοδο του δύσβατου φαραγγιού του Αμπά με τον εντυπωσιακό καταρράκτη 140 μέτρων.

Ανατολικά και δυτικά του οικισμού υπάρχουν διάφορες όμορφες και απομονωμένες παραλίες όπως η παραλία του Τρυγοπιάστη, του Βοιδόματου και του Όρνιου.

Ο οικισμός πήρε το όνομα του από τις τρείς εκκλησίες του, της Παναγίας, του Αφέντη Χριστού και του Αγίου Γεωργίου.