Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων βρίσκεται στην καρδιά της πόλης των Χανίων, λίγα μέτρα μακριά από το παλιό ενετικό λιμάνι. Το Μουσείο ιδρύθηκε το 1963 και στεγάζεται στο καθολικό της ενετικής μονής του Αγίου Φραγκίσκου.

Τα εκθέματα του Μουσείου παρουσιάζουν την πολιτισμική ιστορία του Νομού από τη νεολιθική εποχή έως και τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας. Η έκθεση χωρίζεται σε δύο μεγάλες ενότητες: στο ανατολικό τμήμα που εκτίθενται ευρήματα της ύστερης νεολιθικής εποχής και του χαλκού (μινωικοί χρόνοι) και στο δυτικό τμήμα με αρχαιότητες της εποχής του σιδήρου (ιστορικοί χρόνοι). Στις συλλογές περιλαμβάνονται μινωικά ευρήματα από την πόλη των Χανίων και από διάφορες άλλες περιοχές του νομού, ευρήματα από τάφους της γεωμετρικής περιόδου και των ιστορικών χρόνων από την πόλη, νομίσματα, κοσμήματα, γλυπτά, επιγραφές, στήλες, ψηφιδωτά.

Το έτος 2000 δωρήθηκε στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων η ενδιαφέρουσα συλλογή Κωνσταντίνου, Μαρίκας και Κυριάκου Μητσοτάκη. Καταλαμβάνει τρεις μικρές αίθουσες στα βόρεια και σε επαφή με το ναό του Αγίου Φραγκίσκου. Τα εκθέματα αποτελούν το 1/3 της Συλλογής και η παρουσίαση τους ακολουθεί χρονολογική σειρά (τέλος 4ης χιλιετίας π.Χ. - 3ο αι. μ.Χ.). Περιλαμβάνονται ευρήματα μινωικής κεραμικής, πηλοπλαστικής, λιθοτεχνίας, σφραγιδογλυφίας, κοσμήματα και varia (ποικίλα αντικείμενα από διάφορες περιοχές).

Το Μουσείο διαθέτει εργαστήρια συντήρησης κεραμικής, μεταλλικών αντικειμένων, νομισμάτων, τοιχογραφιών, ψηφιδωτών και χημικό εργαστήριο, ενώ για την εξυπηρέτηση των επισκεπτών υπάρχει εκθετήριο - πωλητήριο του Ταμείου Αρχαιολογικών Πόρων στο ειδικά διαμορφωμένο κωδωνοστάσιο δίπλα στην κύρια είσοδο. Σκοπός του Μουσείου είναι η προβολή της πολιτισμικής ιστορίας του τόπου κατά τον καλύτερο δυνατό τρόπο, έτσι ώστε να αποτελεί πόλο έλξης πολλών επισκεπτών. Στο πλαίσιο αυτό εντάσσεται και η διοργάνωση περιοδικών εκθέσεων, εκπαιδευτικών προγραμμάτων και διαφόρων εκδηλώσεων πολιτισμού στο χώρο του Μουσείου.