Απέναντι από την κεντρική παραλία των Μαλίων, που βρίσκεται στην βόρεια ακτή, υπάρχει μια μικρή νησίδα, γνωστή ως Νήσος Αφέντη Χριστού. Την ονομασία του την οφείλει στο μικρό παρεκκλήσι της Μεταμορφώσεως του Σωτήρα.

Όταν το εκκλησάκι χτίστηκε, δεν είχε διαμορφωθεί ακόμα το νησί, παρά υπήρχε μια βραχώδη στεριά που θύμιζε ακρωτήρι. Το νησί δημιουργήθηκε με την έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας Κατά τον 17ο αιώνα σημειώθηκαν μεγάλοι σεισμοί, που οδήγησαν σε μεγάλες γεωλογικές μεταβολές στον κόλπο των Μαλίων, καθιζήσεις του εδάφους και παλιρροϊκά κύματα, που είχαν ως αποτέλεσμα να δημιουργηθεί το μικρό νησί.

Εκτός από τον μικρό ναό, στον Αφέντη Χριστό υπάρχουν ερείπια από τον ενετικό στρατώνα που υπήρχε, καθώς και από το Μινωικό νεκροταφείο με λαξευτούς τάφους πάνω στους βράχους. Το νησί είναι εύκολα προσβάσιμο από την παραλία των Μαλίων, είτε κολυμπώντας είτε με μικρή βάρκα.